Te está afectando el tiempo de expiración de las sesiones. Dicho valor se ajusta o define en principio por configuración de PHP (php.ini) en su directiva:
session.gc_maxtimelife
Pero también influye según propagues el SID (lo haces en cookies o por el URL?) .. Si lo haces en cookies, el tiempo de expiración de la cookie que propague el SID también influye, pero el que manda en última instancia es la anterior directiva.
Revisa la configuración de sesiones en:
www.php.net/session
De todas formas .. las sesiones deberías usarlas así como están .. con algún tiempo de expiración, tal vez aumentado un poco más para tu aplicación concreta .. pero no te "pases".
Un saludo,