Lo que pasa es que en IIS6 esta disable la opcion de Habilitar Rutas Primarias. En IIS5 esta enable. Por lo que para solucionar el problema debes de ir al MMC, consola del IIS , luego vas a tu Sitio, seleccionas Directorio particular y ahi vas a Configuracion, luego click en opciones y ahí debes de marcar esa opcion de habilitar rutas primarias... eso es todo, por eso no funcionan los ../
Aca te mando un link en donde te explican lo que acabo de informarte
http://support.microsoft.com/default...b;en-us;332117