Si estás hablando de aplicacion de escritorio C# pueder ser una excelente
opción y usar mysql como SGBD, si tienes problemas con licencias no es necesario que tengas que comprar el VSNet para desarrollar, lo puedes hacer con
Sharp Develop una IDE bastante buena...
Ahora, va a depender mucho la arquitectura que vayas a manejar para construir tu sistema, si vas a manejar algun tipo de COM+, Service, etc.., es importante hacer todo ese tipo de evaluacion para saber hasta donde puedes llegar así como considerar las características físicas de los equipos..
Salu2