Bueno... os escribo lo que pasaba por si acaso alguna vez teneis el mismo problema.
La razón de que se colgara la aplicación en el momento en el que yo mostraba mi documento, es que yo llamaba al método de mostrar el documento desde un JDialog con setModal a true y se ve que tiene que ser un JDialog con setModal a false o un JFrame porque si no lo que es el foco del programa sigue en el JDialog y pasa de todo si intentas navegar en el JasperViewer.
Total que no se si me he explicado muy bien pero bueno si alguna vez os pasa y no entendeis lo que acabo de poner (que no me extraañaria) preguntadme que intentaré aclararme algo mejor :)
Un saludo!
