Por lo que veo tu antivirus ha pasado a cuarentena todos los archivos infectados que encontró, por lo que desde ahí no pueden hacer daño. Debes evaluar el funcionamiento del sistema unos días y si todo anda normal puedes vaciar la cuarentena de tu antivirus.
¿Por cierto que antivirus estás usando? para tener otra opinión al respecto pasa al menos 2
Antivirus Online de preferencia Ewido y Kaspersky y de ser necesario pega el reporte para su análisis..
Saludos
