Creo que no entiendes la filosofía de PHP .. (paso a describirtela un poco por encima .. pero deberías repasar algún manual/teoría al respecto):
PHP se ejecuta del lado del "servidor" .. tienes otro "lado" .. el del "cliente" .. PHP "genera" la salida que el "cliente" verá y ejecutará su parte. Como lenguajese del lado del cliente tienes al "HTML" que ya usaras, javascript y demás.
NO se trata de que metas "javascript" en PHP sino que "PHP" va a generar ese "Javascript" si lo necesitas según tus condiciones y lógica en PHP.
Ya te comenté que eso no se puede hacer con PHP .. Tal cual lo requieres es taréa integra de "Ajax" (técnicas) .. Te invito a realizar tu pregunta en dicho foro:
http://www.forosdelweb.com/f77/
Pero también te aviso que si no tienes claro como funciona PHP en sí y las clasicas aplicaciones "cliente-servidor" bajo este ambiente "web" .. te va a resultar dificil entener "Ajax" ..
Un saludo,