andrewmp diste en el clavo, despues de ejecutar el comando:
NET USE LPT1: /DELETE
La impresora local volvio a tomar el control del puerto y todo bien bonito.
Hice pruebas, ejecutando ese viejo script, y de nuevo volvia el problema, pero con un sencillo script con ese comando corriendolo despues de acabar de usar el programa viejo ese, todo vuelve a la normalidad.
andrewmp muchas gracias por esta gran ayuda, salu2.