El servicio Web lo instalas en el servidor de producción como lo haces con cualquier otra aplicación de ASP.NET, es decir, crear el directorio virtual, copiar tu aplicación.
Respecto a lo de la referenca, puedes hacer tu consumidor de forma normal apuntando a Localhost. Después, cuando quieras cambiar al servidor de producción, ve al archivo web.config y vas a encontrar un <appsettings> en donde el key es el nombre de tu Web Reference y el Value es el URL del Web Service, solo tienes que modificar el value para que apunte al nuevo servidor.
No estoy seguro de la forma oficial de modificar este valor par un Win Form, pero se me ocurre que puedes poner un archivo de configuración con la url del Web Service, y al iniciar tu aplicación, asigna este valor a la propiedad URL de la Web Reference.
Espero sirva de ayuda.