Hola,
Puedes activar o desactivar safe_mode por cada virtualhost del siguiente modo:
php_admin_flag safe_mode Off
o
php_admin_value safe_mode 0
(usar el que funcione, no usar ambos)
Puedes tener safe_mode para todo el servidor y desactivarlo para
algunos vhosts. O tener safe_mode desactivado para todo el servidor y
activarlo para algunos virtualhosts. Yo te recomendaría tenerlo "Off" para todo el servidor y activarlo sólo para algún virtualhost (espacio web) que lo requiera.
Para el caso de los archivos .htaccess puedes leer documentación al respecto en:
http://www.htmlpoint.com/faq/apache/17.htm http://mundogeek.net/archivos/2005/05/04/htaccess/ http://us2.php.net/configuration.changes http://www.javascriptkit.com/howto/htaccess.shtml (inglés)
Saludos,