Es como hacer un echo de cualquier variable. El tema es que el codigo javascript debe estar en la pagina de php o bien mandarla como un parametro a la funcion que quieras llamar de javascript. Te pongo los dos ejemplos:
Código PHP:
echo"
<script>
var hora = '".$hora."';
....
....
....
</script>
";
Código PHP:
echo"
<script>
miFuncion('".$hora."');
....
</script>
";