Este es el nuevo código que probe y tampoco funciona...
Código PHP:
if ($carrera==1)
{
$letra="A";
}else{
if ($carrera==2)
{
$letra="E";
}else{
$letra="D";
}
}
$querycount="select count(cod_alumno) as encontro from datos_personales_alumnos where LEFT(cod_alumno,1) = '$letra' ";
$identificador=mysql_query($querycount);
$data = mysql_fetch_row($identificador);
$definitivo = $data[encontro] + 1;
$cod_alumno =$letra.$definitivo;