No afecta cuál unidad pones como maestro y/o esclavo.
Prueba otra opción: Primero que nada, entra al BIOS de tu equipo, y pon en detección automática todas las unidades IDE. Acto seguido, apaga el equipo, y pon el jumper de todas las unidades en modo "Cable Select"; con éste, el mismo sistema de la tarjeta madre vá a asignar la posición de las unidades, dependiendo del conector en que las conectaste.
Bye...