El boot de windows lo podes arreglar con un disco de arranque de 98/me, bajalo de bootdisks. luego usa fdisk /mbr.
Instalar el amule es simplemente como root:
# apt-get install amule
Noto que te estas enredando mas de lo el problema representa en si mismo.
Te recomiendo leer el manual de Instalacion de programas que Ociomax te recomendo en tu
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