Tienes un error típico , estas llamando a un método que requiere que se recojan sus excepciones , Java es así ...
Prueba con incluir en un bloque try catch lo que te puede dar excepción
Código:
try{
primerNumero=Integer.parseInt(en.readLine());
System.out.println("introduce otro numero");
segundoNumero=Integer.parseInt(en.readLine());
if (primerNumero<segundoNumero){
System.out.print(primerNumero+" es menor que "+segundoNumero);
}
if (primerNumero>segundoNumero){
System.out.print(primerNumero+" es mayor que "+segundoNumero);
}
if (primerNumero == segundoNumero){
System.out.println("los numeros son igules");
}
}//fin try
catch(Exception e){System.out.println("La excepción es:"+e);}