Hola:
Con window.open se crea una ventana (la verdad es que no sé como respondería si se le pasa como parámetro del nombre de la ventana, el nombre que tiene la ventana que abre el popup)... pero la ventana "abridora" sigue estando y "corriendo" lo que estuviera activo...
Para cerrar una ventana desde su "abridora", tan solo hay que aplicar el método close() a la variable de la ventana...
var ventana = window.open(...);
...
ventana.close();
Lo del código asp ya me desorienta un poco...
Saludos
