Exactamente eso es lo que sucede. Que cuando tú pones en tu barra de navegador la URL
http://www.dominio.com/archivo/5/1, Apache lo interpretará como si fuera:
http://www.dominio.com/archivo.php?id=5&pag=1, pero eso no lo ve la gente ni los buscadores. Esa transformación es interna.
Ahora, en tu página tienes que escribir las URL de la nueva forma, un enlace que antes ponías como
http://www.dominio.com/archivo.php?id=5&pag=1, ahora ponlo así:
http://www.dominio.com/archivo.html/5/1 CUIDADO CUIDADO !
Google ha advertido en
Información para Webmasters que
NO agregará ninguna URL a su buscador si incluye como parámetro algún
&id=.
Si continúas usando tus enlaces anteriores, tendrás problemas con Google.
Saludos !