Si es un tema de carga: fijate si esto te sirve:
en el archivo que llama al popup:
Código PHP:
<script>
var win;
function abrir(){
win=window.open("win2.php","","width=400,height=400");
}
function avisar(){
alert(win.document.getElementById('pepe').value);
}
</script>
en el popup:
Código PHP:
<script>
function enviar(){
opener.avisar();
}
</script>
<body onLoad="enviar()">
Saludos
