Bueno eso ya se habia respondido por aquí, pero como no me acuerdo donde te dire:
Los gifs no soportan las semitransparencias (las toma como si fuesen un color solido), por más tenues que sean, en tal caso mejor aplica un color uniforme de acuerdo como lo necesites, sino, pues usa el formato png, aunque creo que esta en iguales condiciones.
Si es para una web pues con estilos puedes lograr la semitransparencia!!!Suerte.
