A lo mejor es porque te olvidaste del punto y coma ";":
ini_set('arg_separator.output','&
;');
Ya nos dices si era eso.
De todas formas, para asegurarte deberias escribir todos los ampersands que puedas manualmente con el codigo
&. Por ejemplo, en tu codigo seria:
<a href="busqueda.php?idarea=6
&habita=0
&metros=0">
Saludos