lo podrias hacer de alguna de estas dos formas
1).
Código PHP:
function ventana(a){
var result = confirm("Si el master tiene usuarios vinculados se desvincularán.\n Quieres continuar?");
if (result == true){
window.location="aqui vendria la direccion de la pagina jsp a la que quiero ir que es BorrarMaster.jsp?acron="+a;
}
}
</script>
//.........
//(mas codigo html, jsp...)
//.........
........onclick="ventana('<%=acronimo%>');">
Fijate que el parametro va dentro de aspóstrofes. (' '). y que al momento de hacer el window.location, la variable "a" debe estar concatenado a la cadena del nombre del .jsp pero no dentro de esta misma
2).
Código PHP:
function ventana(){
var a = <%=acronimo%>
var result = confirm("Si el master tiene usuarios vinculados se desvincularán.\n Quieres continuar?");
if (result == true){
window.location="aqui vendria la direccion de la pagina jsp a la que quiero ir que es BorrarMaster.jsp?acron="+a;
}
}
</script>
//.........
//(mas codigo html, jsp...)
//.........
........onclick="ventana();">
Bueno......e.spero te sirva alguno de los dos casos.
......SUERTE.........