Además, puedes usar system-config-securitylevel para verificar que el firewall deje pasar las peticiones al puerto requerido.
Existen varios programas para manejar mysql: mysqlcc, mysqladministrator, etc. Busca en la web de mysql o en sourceforge.
(OK, ya entendí que no puedes actualizar a Fedora 4
. ¿Al menos estás usando los updates de Fedora Legacy?)