Hola:
Lamentablemente, a pesar de que existe algo estándar para contar elementos con el mismo tag, un checkbox tiene el tag input que comparte con los radios, text y otros...
También hay forma estandar de recorrer elementos con el mismo atributo name, pero no funciona bien en explorer (que es el navegador más usado), así que es obligatorio hacer "piruetas" para que lo que quieres funcione en los todos los navegadores modernos (y no hablemos si deshabilitan javascript...)
Una pirueta sería meter todos los checkboxes en una capa (o en un fieldset, que se vería mejor) y luego recorrer los inputs con:
document.getElementById("capa_contenedora").getEle mentsByTagName("input");
Y si mezclas checkboxes con otros elementos, tendrías que diferenciarlos...
if (elemento[i].type == "checkbox")...
Si no lo entiendes bien, pon el código que tienes para ver como ayudarte.
Saludos