bien... si lo que buscas es "proteger" tus particiones.... y mencionaste que el win98 solo lo utilizas para "reparar" el windows 2000 en caso de fallo.... por que no colocas DOS windows 2000? (lo digo porq veo que asi trabajas, en lo personal no haria eso)

asi tendrias los dos OS con el mismo sistema de archivos (NTFS obviamente) y te olvidarias de el olvidado (no por todos) FAT32... ademas... te evitarias la busqueda de aplicaciones que quizá no ofrezcan lo que en realidad necesitas!
un saludo y espero que te sirvan de ayuda los comentarios