Felicidades por la actualización, se ve que los "reyes" te quieren mucho
Si quieres volver a tener los 2 so's juntos necesitas ir por orden y reinstalar primero el win98 y despues el winXP (siempre se instala del SO mas antiguo al más nuevo).
Suponiendo que C: es la de win98 (FAT32) y D: es la de winXP (NTFS), necesitas hacer algo como:
1) Desalojar D:, probablemente respaldando en C:
2) Formatear D: como FAT32 para que pueda ser vista por win98
3) Desalojar C:, seguramente respaldando en D:
4) Formatear C: y reinstalar win98
5) Nuevamente desalojar D:, respaldando en C:
6) Reparticionar y reformatear D: a NTFS
7) Instalar winXP en D: