Hola:
2 posibilidades:
Tal como lo tienes...
window.open('http://www...','Mipop','menubar=0,width=400,height=400,to olbar=0,location=0,status=0,scrollbars=1,resizable =1');
window.frames["Mipop"].close();
ó abrirlo con una asignación:
ventana = window.open('http://www...','Mipop','menubar=0,width=400,height=400,to olbar=0,location=0,status=0,scrollbars=1,resizable =1');
y cerrarlo con:
ventana.close();
Saludos