Con el value tambien funciona:
Código PHP:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html>
<head>
<title>Prueba hola mundo</title>
<script type="text/javascript" language="javascript">
function Prueba(){
document.getElementById("prueba").value="HOla Mundo";
}
</script>
</head>
<body onload="Prueba()">
<input id="prueba"></input>
</body>
</html>
La verdad, no se cual puede ser tu problema. Cuando veamos tu código, entonces podremos ayudarte.
un saludo