Simple socio(a)....
Cuando quiera llamar al servlet abriendo una nueva ventana haces en Javascript algo como
var miVentana = window.open('
/miServlet','ventanaServlet','<parametros de la ventana>');
Si necesitas enviar parametros al servlet se lo envías mediante queryString
window.open('
/miServlet?par1=1&par2=2.....','ventanaServlet','<parametros de la ventana>');
Parametros que en el servlet los recibes con
String p1 = request.getParameter("par1");
Y una vez dentro del servlet envias los parametros de vuelta con el
request.setAttribute("par1",p1);
de siempre
Saludos