Hola
MikiBroki!
El problema que veo es que tratas de invocar el metodo alert enseguida de que has abierto la página, estas tratando de ver el objeto rows, lo mas seguro es que se haga ese alert antes de que se cargue completamente la otra página y por eso no puede encontrar la tabla.
Trata de ver el objeto rows después de haber cargado la página.
Código PHP:
<html>
<head>
<script language="javascript">
var ventana;
function rellenar(){
ventana = window.open("pag2.html", "_blank", "");
}
function ver(){
var Obj = ventana.document.getElementById('tblDatos').rows[0];
alert(Obj);
//Para ver cada una de las propiedades del objeto rows[0]...
for(var i in Obj){
alert(i);
}
}
</script>
</head>
<body onload="rellenar();">
<input type="submit" name="Submit" value="Submit" onclick="ver();">
</body>
</html>