Para hacer pop up tenes que utilizar JavaScript...
ej:
<script>
window.open("pagina");
</script>
Y me parece que lo que te esta pasando con eso de ya.com es:
index.html, index.htm, index.php o index..... debes ser el nombre de la pagina principal de tu web... cuando vos apuntas un directorio en un servidor web este busca a "index" sino lo encuentra muestra el contenido del directorio si es publico sino te denega el acceso...
ponele index.html a tu pagina principal como nombre... asi te va a abrir esa pagina cuando a puntes al ya.com