Tienes un montón de directivas de php.ini relacionadas con las limitaciones que PHP (y hasta APache si lo usas como servidor HTTP) podrían imponer.
Recuera que si bien "mueves" tu archivo por FTP (protocolo) el archivo sigue subiendo por "HTTP" por médio de PHP bajo tu scritp PHP.
Revisa esta FAQ al respecto:
http://www.forosdelweb.com/showpost....&postcount=146
Un saludo,