puedes hacer un script q encuentre el nombre que el user puso y redireccione a la carpeta que contenga el mismo nombre
Código PHP:
<?php
$string = $_SERVER['SERVER_NAME'];
$string = eregi_replace( "http://www.", "", $string );
$string = eregi_replace( "http://", "", $string );
$string = eregi_replace( "www.", "", $string );
$string = eregi_replace( ".net", "", $string );
$string = eregi_replace( ".com", "", $string );
$string = eregi_replace( ".uv.es", "", $string );
header ("Location: http://".$_SERVER['SERVER_NAME']."/subdomain/".$string."/");
exit;
?>
si el nombre de dominio.com apunta hacia tu maquina con la ip o ip+dns el script salta a la carpeta /subdomain/dominio/index.xxx
asi puedes meter infinitos dominios en una misma makina sin usar desasidas cosas.