pues para evitar eso y asegurarte de que se cierra cuando hay cambios en vez del codigo ponerlo en el aspx con un boton cerrar, haces esto en tu boton guardar y una vez realizados los cambios:
Código:
....
Response.write("<script>window.close();window.opener.__doPostBack('loquesea','');</script>")
....
Y asi cuando se hagan los cambios directamente se cierra y se acutaliza el padre.