Hola:
Para enviar datos a un popup hay un mensaje en las FAQs, aunque para lo que pides, tal vez sea mejor usar un botón normal, y hacer 2 submits, el primero, abriendo la ventana y poniendo el target de la ventana y el primer action, y luego (continuando con el código del botón) cambiar otra vez el action, el target que sea _self y submitar otra vez...
Fíjate en las FAQs para el envío a un popup, e intenta hacer el código del botón... (tienes que intentarlo...)
Luego nos lo comentas...
Saludos