El cronjob lo puedes programar editando el crontab, tipeando "crontab -e", y ahí agregas las lineas referentes a CUANDO se ejecutará el script que borra los logs y donde se ubica.
Por ej:
Haremos un borrado de los logs, todos los días Lunes a las 14 horas.
Código:
0 14 * * 1 ./path/de/tu/script/SCRIPT
Esta es la explicación de los 5 dígitos que ves al principio:
[minutos] [hora] [día] [mes] [dia_de_semana] [comando]
Te convendría:
"man crontab"
Saludos.