El archivo readme.html que viene incluido en el paquete que descargaste te explica en detalle cómo modificar algunos archivos de tu vBulletin para que aparezcan los menús laterales de tu portal, así como la cabecera.
Luego de aplicar las modificaciones se deberían visualizar los menús y barras tanto en la página principal de tu foro como en los subforos a los cuales ingreses.
Aquí hay una muestra de lo que te digo, pero usando SMF. Con vB y phpBB es igual.
Saludos.