Bueno yo pienso lo mismo que tu pero en cuanto al manejo de consultas hibernate saca una ligera ventaja ya que
tiene su propio lenguaje "HQL" que lo hace multi-motor de bd eso es uno de los atractivos de hibernate. Te recomiendo que uses el ibatis ya que su fuerte son los triggers y los store procedures chequea
http://ibatis.apache.org/downloads.html para los jars, documentacion y demas.