Hola. Esta es una imagen con un círculo hecho en Gimp:
¿Algo asi queres realizar? Yo fui siguiendo los pasos que te comentaba y pude realizarlo. Como bien decís, la herramienta Seleccionar regiones elipticas se puede utilizar para mover y eliminar partes de la imagen, pero si utilizas la herramienta del baldecito, esa región se pintará.
Con respecto a que no te había guardado los cambios, fijate en la ventana donde tenes el área de trabajo, esta la opción Archivo->Guardar Como, para poder grabar los cambios.
Espero que te sirva.
Saludos. Lucas