Bueno la verdad es que no se si existe una función que haga lo que necesitas automáticamente pero creo, repito "creo" (porque me he liado bastante

) que el siguiente código debería funcionar.
$resultado es el array que te devuelve la consulta a Mysql.
Código PHP:
<?
$filas=count($resultado[1]);//cuentas las filas que habrá contando las columnas de uno de los registros
$columnas=count($resultado);//cuentas las columnas que habrá contando los registros totales
$campos=array_keys($resultado);//copio los nombres de los diferentes campos
for($i=0;$i<$filas;$i++){//por cada fila nueva
for($e=0;$e<$columnas;$e++){//y por cada columna
$tablafinal[$i][$campos[$e]]=$resultado[$e][$i];//asignas el valor
}
}
?>
Saludos,