Revisa la documentación de las funciones de GD ..
www.php.net/gd
Si te fijas bien tienes las funciones "imagePNG()" o "imageJPG()" entre otras para generar tu imagen en esos formatos ..
Si te fijas más todavía veras que si indicas un segundo parámetro (y para JPG hasta un 3° que define el ratio de compresión de tu JPG generado) puedes indicar que se genere un archivo simplemente indicando el nombre y ruta donde quieres dejarlo (por supuesto en el servidor).
Un saludo,