A ver, lo primero decir que existe el foro de aplicaciones prefabricadas, donde se trantan temas de esto: foros (phpbb, VBulletin...), portales (Mambo, PHP-Nuke...), weblogs (wordpress...)...
En segundo lugar decirte que las funciones de PHP que se utilizan para colorear el código (PHP) són:
show_source()
www.php.net/show_source
highlight_file()
www.php.net/highlight_file
highlight_string()
www.php.net/highlight_string
Espero que te sirva.
Saludos,