Nop, si la máquina que va a tener la base de datos ya ne SQL Server. con la Web (sobre todo si usas .NET) te puedes conectar a ese servidor de BD y tener tu servidor Web aparte como ya lo has planeado, de hecho una cadena de conexión podría ser así (dentro del web.config de tu aplicación):
<appSettings>
<add key="sqlConnectionString" value="Data Source = 192.168.1.5; uid=sa; password=sqlserver; Initial Catalog=Northwind;"/>
</appSettings>
donde la máquina q tiene instalado el SQL Server tiene esa IP (192.168.1.5)