Lo mejor es definir las particiones uno mismo, aunque en varias empresas ya te las definen cuando instalan el sistema, eso sería lo ideal así no tienes este tipo de problemas.
También tendrías que considerar la idea de borrar logs regularmente, aveces pueden llegar a ser un dolor de cabeza, para ello podrías crearte un script que los borrara automaticamente desde crontab. Algo así, en cPanel podrá ayudarte:
Código:
#!/bin/sh
service httpd stop
sleep 5
rm /usr/local/apache/domlogs/* -f
service httpd start
Saludos.