Por lo regular lo subes usando un medio como Source Safe, para subir las ultimas referencias de tus archivos.. recueda que en produccion solo debes subir los aspx, .config, ascx, imagenes, etc, y dll´s, nada de código.. y tu app debe estar compilada en modo release y el web.config poner :
Cita: <compilation defaultLanguage="c#" debug="false" />
Eso es lo básico, ahora que si no tienes source safe.. puedes crear un web setup project para crear el instalador para el servidor para que te haga el directorio virtual y la copia de los archivos necesarios.
Es una idea general.. si tienes alguna otra duda por aqui andamos..
Saludos