Ayuda!!!

[Boku]

Te Explico:

no es necesario que las funciones javascript estén en la misma jsp, sino que se pueden incluir en unos archivos externos con extensión js, y que son invocados mediante la propiedad src del tag <script>
src es la ruta en la cual está el archivo .js en el que tienes las funciones que quieres utilizar en la jsp. Si no se pone la propiedad src, las funciones javascript se escribirían inmediatamente después del tag <script> (Sería el segundo caso de los que has puesto). Se trata de una ruta relativa al directorio en el que tienes el jsp:

Imagina que tienes "menu.jsp" en el directorio /pagina/jsp
y que de ese mismo directorio cuelga otro en el que tienes los archivos .js, por ejemplo funciones.js( el directorio se llama /javascript)

pues la propiedad src tendría el valor: /javascript/funciones.js

Si por el contrario lo tuvieras en un nivel más alto del arbol de directorios, para subir un nivel se indica con ../

Si en este caso el directorio /javascript estuviera a la misma altura que /jsp, la propidad src tendría el valor: ../javascript/funciones.js

Espero haberte ayudado