Hay un gestor de arranque gratuito lladado GAG
http://gag.sourceforge.net/es-index.html
Una vez me encontré en una situación similar, lo que hice fue hacer una imágen de respaldo de la partición en donde está el Xp, luego de formatear e intalar el W98 , formatee la partición en donde esta el Xp y lo volví a instalar, solo lo básico simplemente para que me instale los archivos de booteo necesarios, finalmente instalé la imágen de la partición que había creado previamente.