El compilador genera codigo objeto que posteriormente el enlazador convierte en un ejecutable nativo (.exe para plataformas de Microsoft), estas dos herramientas suelen venir juntas.
Para empezar te recomendaria un libro de justamente C++ standard, la mayoria comienzan con una breve introduccion de C para posteriormente explicar las caracteristicas principales de C++ como la POO (Programacion Orientada a Objetos), STL (Standard Template Library), manejo de excepciones, plantillas (programacion generica), etc.
Este es un ejemplo:
http://www.agapea.com/C-ESTANDAR-n24256i.htm