Hola:
Más o menos sería:
<fieldset id="conjunto" >
<input type="checkbox" name="check1" value="ch1" />
<input type="checkbox" name="check1" value="ch2" />
<input type="checkbox" name="check1" value="ch3" />
<input type="checkbox" name="check2" value="ch4" />
<input type="checkbox" name="check2" value="ch5" />
<input type="checkbox" name="check2" value="ch6" />
</fieldset>
<input type="checkbox" name="todos" value="todos" onclick="todos(this.checked)" />
Y en el head el script todos()...
Código:
function todos(valor) {
for (var i = 0, total = document.getElementById("conjunto").getElementsByTagName("input"); i < total.length; i ++)
total[i].checked = valor;
}
Saludos