Hola que tal, segun mi paracer NFTS es mucho mejor que FAT32 debido principalmente a que brinda seguridad, puedes dar permisos a tus usuarios para que solo algunos ingresen a tal o cual carpeta, bueno y muchas cosas mas que ya me olvidado, como encriptacion y si quieres formatear tu disco yo te recomendaria Disk Manager es muy bueno aunque solo lo puedas hacer en FAT32, luego cuando instalas Win Xp lo formateas a NTFS, y listo.
si tienes alguna duda solo dime. ok bye