NTFS o Fat32

[fearlex]

No se si esta pregunta va aki pero bueno, MI pregunta es la siguiente, tengo mi pc con windows XP, tengo dos discos duros, los cuales estaban en el sistema de archivos NTFS, uno de ellos es master y el otro Slave, pues me hacia falta formatear el disco master para volver a instalarle el windows XP por ke tenia unos adwares ke no podia quitar, entonces, yo siempre lo he echo usando el famoso y unico disco de inicio de windows 98, con las herramientas de MS-DOS, ke tan buena son. El problema es ke MS-DOS no reconoce NTFS, y solo e reconocia, la disquetera de 3 1/2, el ram drive ke el mismo crea con las herramientas, y el lector de CD, para no hacer mas larga la historia, utilice la herramienta vieja FDISK y elimine la particion activa, lo ke kiere decir el disco duro completo, despues cree una particion activa de DOS, y hasta ese punto el sistema de archivos era desconocido, reinicie la pc, formatee el disco y se volvio FAT32, cuando empece a instalar el windows XP, me pregunto si queria convertirla unidad a NTFS, o dejarla en FAT32, y yo la deje en FAT32, por lo ke tengo el disco master en FAT32 y el disco Slave en NTFS. Despues de toda esta muela, kiero saber, que me recomiendan:
1-Pasarlo a NTFS ¿Por ke? y si lo hago ¿Que forma tengo de poder formatear el disco duro en caso de necesidad?, alguna forma parecida a la de iniciar la PC con el disco de inicio de windows 98.
2-Seria mejor NTFS o Fat32??
3-Kiero tener su opinion personal y ejemplos personales para ver ke seria mas recomendable para mi.

Desde ya gracias