Bueno, hacer un presupuesto significa evaluar muchos aspectos como pueden ser la carga de trabajo (dificultad), las horas que habrá que dedicar para el proyecto, etc. Depende de lo que pida el cliente puede variar mucho el presupuesto. No es lo mismo crear un sitio web con 5 o 6 paginas en html que un sitio web en php que gestiona una base de datos, etc.
Hay un artículo bien mono por
www.desarrolloweb.com que trata sobre este tema. Échale un vistazo, allí lo explica mejor que yo jeje.
Saludos